
תרומתה המחקרית הבולטת של פרופ' חנה כותן ניכרת בשני תחומים: אפיגרפיה ופפירולוגיה של ארץ ישראל וסביבתה. בתחום האפיגרפיה, היא עומדת בראש מפעל הכתובות העתיקות מארץ ישראל (CIIP), אשר מפרסם את כלל הכתובות בכלל השפות מארץ ישראל מן התקופות ההלניסטית, הרומית והביזנטית. בתחום הפפירולוגיה, פרופ' כותן היא מן החוקרות החשובות של התעודות היווניות ממדבר יהודה. כמו כן, עסקה בפרסום הפפירוסים היווניים והלטיניים ממצדה.
מפרסומיה של פרופ' כותן:
Discoveries in the Judaean Desert: Volume XXVII. Aramaic, Hebrew and Greek Documentary Texts from Nahal Hever and Other Sites. Edited with Ada Yardeni
Masada II: The Latin and Greek Documents, edited with J. Geiger